Add support for bioconductor

README.md

@@ -41,7 +41,7 @@ set  <target> <mirror>  # 换源，指定使用某镜像站
 - [ ] `chsrc set rust`  或 `chsrc set cargo` 或 `chsrc crate`
 - [ ] `chsrc set java`  或 `chsrc set maven` 或 `chsrc set mvn` 或 `chsrc gradle`
 
-- [x] `chsrc set r`  或 `chsrc set cran`
+- [x] `chsrc set r`  或 `chsrc set cran`  (同时会为 `bioconductor` 换源)
 - [ ] `chsrc set julia`
 
 ## 操作系统

chsrc.c

@@ -631,6 +631,11 @@ pl_java_setsrc (char* option)
 void
 pl_r_getsrc (char* option)
 {
+  // 或参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/585036231
+  //
+  // options()$repos
+  // options()$BioC_mirror
+  //
   char* cmd = NULL;
   if(xy_on_windows) {
     cmd = "type %USERPROFILE%\\Documents\\.Rprofile";
@@ -643,7 +648,6 @@ pl_r_getsrc (char* option)
 
 /**
  * R 换源，参考：https://help.mirrors.cernet.edu.cn/CRAN/
- * TODO: bioconductor 换源
  */
 void
 pl_r_setsrc (char* option)
@@ -659,9 +663,24 @@ pl_r_setsrc (char* option)
   source_info source = pl_r_sources[index];
   chsrc_say_selection(&source);
 
+  char* bioconductor_url = xy_str_delete_suffix(xy_str_delete_suffix(source.url, "cran/"), "CRAN/");
+  bioconductor_url = xy_2strjoin(bioconductor_url, "bioconductor");
+
   const char* file = xy_strjoin (3, "options(\"repos\" = c(CRAN=\"", source.url, "\"))" );
 
   char* cmd = NULL;
+  // 或者我们调用 r.exe --slave -e 上面的内容
+  if (xy_on_windows)
+    cmd = xy_strjoin(3, "echo ", file, " >> %USERPROFILE%/Documents/.Rprofile");
+  else
+    cmd = xy_strjoin(3, "echo ", file, " >> ~/.Rprofile");
+
+  chsrc_logcmd(cmd);
+  system(cmd);
+
+
+  file = xy_strjoin (3, "options(BioC_mirror=\"", bioconductor_url, "\")" );
+  // 或者我们调用 r.exe --slave -e 上面的内容
   if (xy_on_windows)
     cmd = xy_strjoin(3, "echo ", file, " >> %USERPROFILE%/Documents/.Rprofile");
   else

chsrc.h

@@ -175,8 +175,6 @@ pl_nodejs_sources[] = {
  *
  * 参考：https://help.mirrors.cernet.edu.cn/CPAN/
  *
- * Jlu 吉林大学没有该源
- *
  * TODO: 速度未经测试，请Perl用户协助
  */
 pl_perl_sources[] = {
@@ -191,15 +189,16 @@ pl_perl_sources[] = {
 /**
  * 2023-09-04 更新
  *
- * TODO: 速度未经测试，请R用户协助
+ * @note 以下注释的，是不含有bioconductor的镜像站，
+ *       我们在换cran的同时，也直接帮助用户换bioconductor
  */
 pl_r_sources[] = {
   {&Sjtug_Zhiyuan, "https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/"},
-  {&Ali,           "https://mirrors.aliyun.com/CRAN/"},
+  // {&Ali,           "https://mirrors.aliyun.com/CRAN/"},
   {&Tuna,          "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"},
-  {&Sustech,       "https://mirrors.sustech.edu.cn/CRAN"},
-  {&Bfsu,          "https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"},
-  {&Bjtu,          "https://mirror.bjtu.edu.cn/cran/"},
+  // {&Sustech,       "https://mirrors.sustech.edu.cn/CRAN"},
+  // {&Bfsu,          "https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"},
+  // {&Bjtu,          "https://mirror.bjtu.edu.cn/cran/"},
 },